ウイルスバスターが原因で同期できてなかったみたい。
iTunesとiPhoneが同期がうまくいかないなぁと思い悩んでいたら、アイコンにエラーの表示が。
エラーの内容を見て見ると、ウイルスバスターが有効化されていませんというメッセージが。。。
確かにアイコンにウイルスバスターが表示されていない。
去年の12月頃に2012から2013に入れ替えは行ったのだが、その時には入れ替え後にフルスキャンかけたので、その時には正しくインストールされていたと思ったのだが。
仕方ないのでウイルスバスターを再インストールするとウイルスバスターが正しくタスクバーのアイコン表示欄に現れ、無事iTunesも同期が行える様になりました。